Nettprogrammenes universelle karakter førte til spredningen. Flere kjøres ofte i parallell; en nettpost, en Wiki, noen gruppevaresystemer, et forum, et fotogalleri, en blogg, og så videre. Mange av disse programmene er avhengige av «LAMP» (Linux, Apache, MySQL, PHP)-stabelen. Dessverre er mange av disse programmene også skrevet uten mye hensyn til sikkerhetsproblemer. Data som kommer utenfra brukes også ofte med liten eller ingen validering. Å gi spesiallagede verdier kan brukes til å undergrave et anrop til en kommando, slik at en annen blir utført i stedet. Mange av de mest åpenbare problemene er løst etter hvert som tiden har gått, men nye sikkerhetsproblemer dukker opp med jevne mellomrom.

Å oppdatere nettprogrammer regelmessig er derfor nødvendig, slik at ikke noe forsøk (enten av en profesjonell angriper, eller en «skript-kiddy» (nybegynner)) kan utnytte en kjent sårbarhet. Den faktiske risikoen avhenger av tilfellet, og spenner fra ødeleggelse av data - til kjøring av vilkårlig kode, medregnet å gjøre nettsider uleselige.

En sårbarhet i et nettprogram blir ofte brukt som utgangspunkt for inntrengningsforsøk. Her følger en kort gjennomgang av mulige konsekvenser.

Konsekvensene av en inntrenging vil være synlig i ulik grad, avhengig av motivasjonen til angriperen. Skript-kiddies gjelder bare oppskrifter de finner på nettsider; oftest gjør de en nettside uleselig, eller de sletter data. I mer subtile tilfeller legger de inn usynlig innhold på nettsidene, slik som å forbedre henvisninger til sine egne sider i søkemotorer.

En mer avansert angriper vil gå utover det. Et katastrofescenario kunne være dette opplegget: Angriperen får muligheten til å utføre kommandoer som www-data-bruker, men kjører en kommando som krever mange håndteringer. For å gjøre livet sitt enklere installerer de andre nettprogrammer spesielt utformet for å fjernutføre mange typer kommandoer, som for eksempel surfing i filsystemet, å undersøke tillatelser, å laste opp eller ned filer, utføre kommandoer, og selv gi et nettverksskall. Ofte vil sårbarheten tillate å kjøre en wget-kommando som vil laste ned skadelig programvare til /tmp/, og så kjøre den. Den skadelige programvaren er ofte lastet ned fra en utenlandsk nettside som tidligere er kompromittert, for å dekke sporene og gjøre det vanskeligere å finne den faktiske opprinnelsen til angrepet.

På dette punktet har angriperen nok bevegelsesfrihet slik at de ofte kan installere en IRC bot (en robot som kobles til en IRC-tjener, og kan styres av denne kanalen). Denne boten er ofte brukt til å dele ulovlige filer (uautoriserte kopier av filmer eller programvare, og så videre). En besluttsom angriper kan ønske å gå enda lengre. Kontoen www-data gir ikke full tilgang til maskinen, og angriperen vil prøve å få administratorrettigheter. Dette bør imidlertid ikke være mulig, men hvis nettprogrammet ikke var oppdatert, er sjansene for at kjernen og andre programmer er utdatert også; dette følger noen ganger av en avgjørelse fra administrator som, til tross for å vite om sikkerhetsproblemet, har unnlatt å oppgradere systemet siden det ikke er noen lokale brukere. Angriperen kan så dra nytte av denne andre sårbarheten for å få rot-tilgang.

Nå eier angriper maskinen; og de vil vanligvis prøve å holde på dette privilegiet så lenge som mulig. Dette innebærer å installere en rootkit, et program som vil erstatte enkelte komponenter i systemet, slik at angriperen vil kunne få administratorrettigheter igjen på et senere tidspunkt; rootkit forsøker også å skjule sin egen eksistens, samt eventuelle spor etter inntrenging. Et skadelig ps-program vil unngå å liste noen prosesser, netstatvil ikke liste noen av de aktive forbindelsene, og så videre. Ved hjelp av rotrettigheter var angriperen i stand til å observere hele systemet, men fant ikke viktige data; slik at de vil prøve å få tilgang til andre maskiner i bedriftens nettverk. Ved å analysere administratorkontoen og historiefiler, finner angriperen hvilke maskiner som er benyttet rutinemessig. Ved å erstatte sudo eller ssh med et skadelig program, kan angriperen avskjære noen av administratorens passord, som de vil bruke på de oppdagede tjenerne ... og inntrengingen kan forplante seg derfra.

Dette blir et marerittscenario som kan forebygges ved flere tiltak. De neste avsnittene beskriver noen av disse tiltakene.

Så snart de potensielle sikkerhetsproblemene er kjent, må de tas hensyn til ved hvert trinn i prosessen med å legge ut en tjeneste, særlig når man velger ut programvaren som skal installeres. Mange nettsteder, for eksempel SecurityFocus.com, har en liste over nylig oppdagede sårbarheter, som kan gi en ide om sikkerhetsmerittene før en spesiell programvare blir utplassert. Selvfølgelig må denne informasjonen balanseres mot populariteten til den nevnte programvaren: Et mer allment brukt programmet er et mer fristende mål, og det vil bli nærmere saumfart som en konsekvens. På den annen side kan et nisjeprogram være fullt av sikkerhetshull som aldri blir publisert på grunn av manglende interesse for en sikkerhetsgjennomgang.

I verden av fri programvare, er det vanligvis rikelig rom for valg, og å velge en programvare fremfor en annen bør være en beslutning basert på kriteriene som gjelder lokalt. Flere funksjoner innebærer en økt risiko for at en sårbarhet gjemmer seg i koden. Å plukke det mest avanserte programmet til en oppgave, kan faktisk virke mot sin hensikt, for en bedre tilnærming er å velge det enkleste programmet som tilfredsstiller kravene.

De fleste Linux-distribusjoner installerer som standard en rekke Unix-tjenester og mange verktøy. I mange tilfelle er disse tjenestene og verktøyene ikke påkrevd for det faktiske formål som administrator setter opp for maskinen. Som en generell retningslinje i sikkerhetssaker, er det best å avinstallere unødvendige programvare. Faktisk er det ingen vits i å sikre en FTP-tjener, hvis en sårbarhet i en annen, ubrukt tjeneste kan brukes til å få administratorrettigheter på hele maskinen.

Med samme resonnement vil brannmurer ofte bli satt opp til å kun gi tilgang til tjenester som er ment å være offentlig tilgjengelige.

Nåværende datamaskiner er kraftige nok til å være vertskap for flere tjenester på samme fysiske maskin. Fra et økonomisk synspunkt er en slik mulighet interessant; bare én datamaskin å administrere, lavere energiforbruk, og så videre. Fra sikkerhetssynspunkt kan et slikt valg være et problem. En kompromittert tjeneste kan gi tilgang til hele maskinen, som igjen svekker de andre tjenestene som ligger på samme datamaskin. Denne risikoen kan reduseres ved å isolere tjenestene. Dette kan oppnås enten med virtualisering (hver tjeneste legges til en egen virtuell maskin eller beholder), eller med AppArmor/SELinux (at hver tjenestebakgrunnsprosess har et tilstrekkelig dimensjonert sett med tillatelser).

Å diskutere sikkerhet bringer umiddelbart tankene til beskyttelse mot angrep fra anonyme inntrengere som gjemmer seg i Internett-jungelen; men et ofte glemt faktum er at risikoen også kommer fra innsiden: En ansatt som skal forlate selskapet kunne laste ned sensitive filer om viktige prosjekter, og selge dem til konkurrentene, en uaktsom selger kan forlate arbeidsplassen uten å låse sin sesjon under et møte om et nytt prospekt, en klønete bruker kan slette feil katalog ved et uhell, og så videre.

Responsen på disse risikoene kan omfatte tekniske løsninger: At ikke mer enn de nødvendige tillatelsene skal gis til brukerne, og at regelmessige sikkerhetskopier er nødvendig. For å unngå risikoene er brukeropplæring i mange tilfeller den hensiktsmessige beskyttelsen.

Det er ingen vits i å sikre tjenester og nettverk hvis datamaskinene selv ikke er beskyttet. Viktige data fortjener å bli lagret på varm-pluggede (hot-swappable) harddisker i RAID-områder, fordi harddisker feiler før eller senere, og datatilgjengelighet er en nødvendighet. Men hvis et pizzabud kan gå inn i bygningen, snike seg inn i tjenerrommet, og snike seg ut med noen få utvalgte harddisker, er en viktig del av sikkerheten ikke dekket. Hvem kan gå inn i tjenerrommet? Er tilgangen overvåket? Disse spørsmålene fortjener overveielse (og svar) når den fysiske sikkerheten blir vurdert.

Fysisk sikkerhet omfatter også risikoen for ulykker som branner. Denne risikoen berettiger lagring av sikkerhetskopier i en egen bygning, eller i det minste i et brannsikkert skap.

En administrator har, mer eller mindre implisitt, tillit hos sine brukere, samt brukere av nettverket generelt. En bør derfor unngå enhver uaktsomhet som ondsinnede mennesker kan utnytte.

En angriper som tar kontroll over maskinen din for så bruke den som en fremskutt base (kjent som et «stafettsystem»), for derfra å utføre andre ulovlige aktiviteter. kan føre til juridiske problemer for deg, siden den angrepne i utgangspunktet vil se angrepet komme fra ditt system, og derfor anser deg som angriper (eller som medskyldig). I mange tilfelle kan en angriper bruke din tjener som en mulighet til å sende spam, som ikke bør ha mye innvirkning (unntatt en mulig registrering på svartelister som kan begrense din mulighet til å sende legitime e-poster), men det vil likevel ikke være hyggelig. I andre tilfeller kan større problemer forårsakes fra maskinen, for eksempel tjenestenekt-angrep. Dette vil noen ganger forårsake tap av inntekter, ettersom de legitime tjenestene vil være utilgjengelige, og data kan bli ødelagt. Noen ganger vil dette også innebære en reell kostnad, fordi den angrepne part kan starte søksmål mot deg. Rettighetshavere kan saksøke deg hvis en uautorisert kopi av et verk, beskyttet av opphavsrett deles fra tjeneren din, så vel som at andre selskaper tvinges av servicenivåavtaler dersom de er forpliktet til å betale erstatning etter angrep fra din maskinen.

Når slike situasjoner oppstår, er det vanligvis ikke nok å hevde uskyld: I det minste trenger du overbevisende bevis som viser at mistenkelig aktivitet på systemet ditt kommer fra en gitt IP-adresse. Dette vil ikke være mulig hvis du forsømmer anbefalingene i kapittelet her, og lar angriperen få tilgang til en privilegert konto (spesielt rot), og bruker den til å dekke sine spor.