عند تسجيل الدخول أول مرة، يتم الدخول باسم المستخدم root وكلمة سره العادية. يُفضَّل تغيير كلمة السر المستخدمة في webmin بأسرع ما يمكن، حتى إذا اكتُشِفَت الكلمة، لم تتأثر كلمة سر حساب الجذر للمخدم، ولو أن هذه الكلمة تعطي صلاحيات إدارية على الجهاز.

كن حذراً! بما أن webmin لها مزايا كثيرة جداً، يستطيع المستخدم الخبيث الذي يصل إليها أن يهدد أمان النظام كله. عموماً، لا ينصح باستخدام هذا النوع من الواجهات على النظم المهمة ذات القيود الأمنية الشديدة (الجدران النارية، المخدمات الحساسة، الخ).

يقدم مشروع GNOME أيضاً عدة واجهات إدارة يمكن الوصول إليها عادة عبر مدخلة ”Settings“ من قائمة المستخدم في الزاوية اليمنى العليا. البرنامج gnome-control-center هو البرنامج الرئيسي الذي يجمع هذه الواجهات معاً لكن معظم أدوات الضبط التي تعمل على مستوى النظام متوفرة فعلياً في حزم أخرى (accountsservice،‏ system-config-printer، الخ). مع أن هذه البرامج سهلة الاستخدام، لكنها لا تغطي إلا عدداً محدوداً من الخدمات الأساسية: إدارة المستخدمين، ضبط الوقت، إعداد الشبكة، إعداد الطابعات، الخ.

تشترط سياسة دبيان صراحة وجوب اتخاذ جميع الإجراءات اللازمة للحفاظ على التعديلات اليدوية على ملفات الإعداد، لذلك يتزايد عدد السكربتات التي تتخذ الاحتياطات عند تحرير ملفات الإعداد. المبدأ العام بسيط: يُجري السكربت تعديلاته فقط إذا كان يعرف الحالة السابقة لملف الإعداد، ويتم التأكد من هذا بمقارنة checksum الملف مع checksum آخِر ملف مولد تلقائياً. إذا تطابقا، يُسمَح للسكربت بتعديل ملف الإعداد. وإلا، فإن السكربت يقرر أن الملف قد تعدّل ويسأل عما يجب فعله (تثبيت الملف الجديد، حفظ الملف القديم، أو محاولة دمج التغييرات الجديدة في الملف الحالي). لطالما تميزت دبيان بهذا المبدأ الوقائي، لكن التوزيعات الأخرى بدأت تتبناه تدريجياً.

يمكن استخدام البرنامج ucf (من حزمة دبيان ذات الاسم نفسه) لتطبيق مثل هذا السلوك.