Les paquets installés correspondent aux profils sélectionnés pendant l'installation, mais pas nécessairement à l'utilisation réelle qui sera faite de la machine. On lancera donc vraisemblablement un outil de gestion de paquets, pour affiner la sélection des paquets installés. Les deux outils les plus couramment utilisés (et qui sont installés si le profil Environnement graphique de bureau a été coché) sont apt (accessible en ligne de commande) et synaptic (Gestionnaire de paquets Synaptic dans les menus).

Pour faciliter l'installation d'ensembles logiciels cohérents, Debian crée des « tâches » dédiées à des usages spécifiques (serveur de messagerie, serveur de fichiers, etc.). On a déjà pu les sélectionner dans l'installateur et on peut y avoir de nouveau accès dans les outils de gestion de paquets comme aptitude (les tâches sont listées dans une section à part) et synaptic (par le menu, Édition → Sélectionner des paquets par tâche) ; tous les programmes qui les composent seront alors automatiquement installés.

aptitude est une interface à APT en mode texte plein écran. Elle permet de naviguer dans la liste des paquets disponibles selon différents classements (paquets installés ou non, par tâche, par section, etc.) et de consulter toutes les informations disponibles à propos de chacun d'entre eux (dépendances, conflits, description, etc.). Chaque paquet peut être marqué à installer (touche +) ou à supprimer (touche -). Toutes ces opérations seront effectuées simultanément après confirmation par appui sur la touche g (comme go, ou « allez ! »). En cas d'oubli de certains logiciels, aucun souci, il sera toujours possible d'exécuter à nouveau aptitude une fois l'installation initiale achevée.

Of course, it is possible not to select any task to be installed. In this case, you can manually install the desired software with the apt or aptitude command (which are both accessible from the command line).

A first apt upgrade (a command used to automatically update installed programs) is generally required, especially for possible security updates issued since the release of the latest Debian stable version. These updates may involve some additional questions through debconf, the standard Debian configuration tool. For further information on these updates conducted by apt, please refer to Section 6.2.3, « Mise à jour ».