Les interpréteurs de commandes (ou shells), qui peuvent être le premier contact de l'utilisateur avec l'ordinateur, doivent être assez conviviaux. La plupart utilisent des scripts d'initialisation permettant de configurer leur comportement (complétion automatique, texte d'invite, etc.).

bash, l'interpréteur de commandes standard, emploie les scripts d'initialisation /etc/bash.bashrc (pour les shells « interactifs ») et /etc/profile (pour les shells « de connexion »).

Pour bash, il est intéressant d'activer la « complétion automatique » dans le fichier /etc/bash.bashrc (il suffit pour cela d'y décommenter quelques lignes).

En plus de ces scripts communs à tous, chaque utilisateur peut se créer des fichiers ~/.bashrc et ~/.bash_profile pour personnaliser son shell. Les ajouts les plus courants sont la mise en place d'alias, mots automatiquement remplacés avant exécution de la commande, ce qui accélère la saisie. On pourra ainsi créer un alias la pour la commande ls -la | less et se contenter de saisir la pour inspecter en détail le contenu d'un répertoire.

Un élément important de configuration des shells est la mise en place de variables d'environnement par défaut. Si l'on néglige les variables spécifiques à un interpréteur de commandes, il est préférable de mettre celles-ci en place dans le fichier /etc/environment, utilisé par les différents programmes susceptibles d'initier une session shell. Parmi les variables susceptibles d'y être définies, citons ORGANIZATION qui contient habituellement le nom de l'entreprise ou organisation et HTTP_PROXY qui indique l'existence et l'emplacement d'un proxy (ou mandataire) HTTP.