Gli interpreti dei comandi (o shell) possono essere il primo punto di contatto dell'utente con il computer, e devono quindi essere piuttosto amichevoli. Molti usano script di inizializzazione che consentono la configurazione del loro comportamento (completamento automatico, testo del prompt, ecc.).

bash, la shell standard, usa lo script di inizializzazione /etc/bash.bashrc per shell «interattive» e /etc/profile per le shell di «login».

Per quanto riguarda bash è utile attivare il «completamento automatico» nel file /etc/bash.bashrc (basta decommentare qualche riga).

Oltre a questi script comuni, ogni utente può creare i propri ~/.bashrc e ~/.bash_profile per configurare la propria shell. La modifica più comune riguarda l'aggiunta di alias: sono parole che vengono automaticamente sostituite con l'esecuzione di un comando per rendere più veloce il lancio di tale comando. Per esempio, si può creare l'alias la per il comando ls -la | less, così si dovrà digitare semplicemente la per ispezionare i contenuti di una directory in dettaglio.

Impostare le variabili d'ambiente predefinite è un elemento importante per la configurazione della shell. A parte le variabili specifiche di ogni shell, è preferibile inserirle nel file /etc/environment poiché viene usato da vari programmi per inizializzare le sessioni shell. Variabili tipicamente definite in questo file sono: ORGANIZATION che generalmente contiene il nome dell'azienda o dell'organizzazione, HTTP_PROXY che indica l'esistenza e la posizione di un proxy HTTP.