Interpretadores de comandos (ou shells) podem ser o primeiro ponto de contato do usuário com o computador, e eles devem portanto ser bastante amigáveis. a maioria deles usa scripts de inicialização que permitem a configuração de seus comportamentos (completação automática, texto de prompt, etc).

bash, o shell padrão, usa o script de inicialização /etc/bash.bashrc para shells "interativos", e o /etc/profile para shells de "login".

Para o bash, é útil ativar “preenchimento automático” no arquivo /etc/bash.bashrc (simplesmente descomentando algumas linhas).

Em adição a esses scripts comuns, cada usuário pode criar seu próprio ~/.bashrc e ~/.bash_profile para configurar seu shell. As mudanças mais comuns são a adição de "aliases"; palavras que são automaticamente substituidas pela execução de um comando, o que faz ficar mais rápido a invocação desse comando. Por exemplo, você poderia criar o "alias" la para o comando ls -la | less; assim você tem apenas que digitar la para inspecionar o conteúdo do diretório detalhadamente.

Definir as variáveis de ambiente padrão é um elemento importante da configuração do shell. Deixando de lado as variáveis específicas do shell, é preferível colocá-las no arquivo /etc/environment, já que ele é usado por vários programas passíveis de iniciar uma sessão do shell. Variáveis tipicamente definidas lá incluem ORGANIZATION, a qual usualmente contém o nome da compania ou organização, e HTTP_PROXY, a qual indica a existência e localização de um proxy HTTP.